El antecedente de la UDEMEX fue el Instituto de Educación Media Superior y Superior a Distancia del Estado de México, creado mediante Decreto del Ejecutivo del Estado publicado en la Gaceta del Gobierno del Estado de México el 29 de marzo de 2007, como un organismo público descentralizado, con personalidad jurídica y patrimonio propios, sectorizado a la Secretaría de Educación.
Cinco años después, el 27 de enero de 2012, se publicó en la Gaceta del Gobierno, el Decreto del Ejecutivo del Estado de México mediante el cual se crea el Organismo Público Descentralizado de carácter estatal denominado Universidad Digital del Estado de México, teniendo personalidad jurídica y patrimonio propios, sectorizado a la Secretaría de Educación, abrogándose el decreto anterior.